Леса в их аккуратном и ухоженном виде сохранились до наших дней благодаря тому, что научные основы ведения лесного хозяйства в Эстонии начали разрабатывать около 200 лет назад. Поскольку большинство лесов принадлежало помещикам, то ведение хозяйства в лесах зависело от их интересов и потребностей и было неоднородным. Однако, несмотря на это, в середине XIX века лесное хозяйство Эстонии ставили в пример для всей России. Развитию лесного хозяйства спсобствовало преподавание основ лесного хозяйства в Тартуском университете уже в начале XIX века.
Тот факт, что значительная часть эстонских лесов принадлежит государству, спобствует более легким способам охраны лесов, избегая переговоров с различными частными собственниками лесов и огромных компенсаций, оплачиваемых им в качестве компенсации за потерянный доход. В частных лесах лесозаготовки ведутся наиболее интенсивно, и поэтому леса большой экологической ценности могут быть защищены, главным образом, только в природоохранных территориях. В такой ситуации советский режим представляется немного более благоприятным для эстонских лесов, чем рыночная экономика – тогда количество заготовленной древесины было в 3-4 раза меньше, чем в настоящее время.
Правила финансового мира для эстонских лесов были введены внезапно. Чтобы быть кредитоспособным, лесоводство должно вестись круглый год, в то время как в позднем периоде советского времени лесозаготовки прекращались весной и ранним летом. Современные лесоуборочные комбайны (харвестеры) могут заготавливать старые деревья невероятно быстро, но от них просыпаются зимующие медведи и комбайны удаляют деревья вместе с гнездами птиц, находящихся в сезоне размножения.
Большое количество крупных хищников, таких как медведь, рысь и волк все еще указывает на довольно естественное экологическое состояние экосистем лесов Эстонии. Однако вопреки утверждениям охотников-сверхэнтузиастов, их количество не превышает 1 000 особей, из них сотни особей рыси, живущей в больших лесах Эстонии, 200 волков и более чем 500 бурых медведей. Большое лесное пространство Эстонии служит домом и для некоторых других европейских видов животных, таких как белка-летяга.
Индикатором экологического здоровья леса в Эстонии является белоспинный дятел (Dendrocopos leucotos), наличие которого все еще весьма обычное явление в Эстонских лесах, хотя его не так часто можно заметить – для этой тихой птицы с неприметным поведением требуются достаточно большие территории естественных лесов с загнивающими лиственными деревьями. Белоспинный дятел находится на грани исчезновения в Швеции и Финляндии, где лесного хозяйства ведется слишком интенсивно.
